Правительственным решением освобожден с занимаемой должности ректор Ферганского государственного университета. По данным 12уз, ферганский вуз до недавнего времени возглавлял доктор биологических наук, профессор Мадаминбек Ахмедов. Данный пост остается вакантным.
С 1996 года при университете регулярно выпускается журнал «ФерГУ. Научный вестник», включенный в список изданий Высшей Аттестационной Комиссии, и газета «Ферганский университет», активно действует типография.
Также в ФерГУ налажено сотрудничество с АН РУз, УзНУ, СамГУ, ТГАУ, ТГЭУ, а также с вузами Франции, Индии, России, Киргизии.
